- способом питания (например, одни могут быть гетеротрофами, а другие автотрофами)
- формой самой бактерии (кокки, стрептококки, палочки, спириллы и др.)
- есть/нет жгутика
- мембрана (есть грамположительные и грамотрицательные бактерии, они там различаются по тому, где в их мембране находится полисахаридный слой)
- тип спорообразования (споры разные по форме у разных бактерий)