Семенная кожура защищает заключённый в ней зародыш и влияет на прорастание. Торможение прорастания связано с высокой степенью непроницаемости семенной кожуры для воды и кислорода. Семенная кожура может оказывать механическое сопротивление росту зародыша.
Семенная кожура устойчива к пищеварительным сокам животных.
Эпидерма некоторых семян содержит слизевые клетки и при контакте с водой набухает и становится клейкой. Благодаря этому семя прилипает к животным и переносится в новые места произрастания или, наоборот, прилипает к почве, а слизь защищает от высыхания.